मंदिरातील मूर्ती पाषाणी असून एका हातात परशू, तर दुसर्या हातात लाडू आहे. एक हात अभयमुद्रा, तर दुसरा हात मोकळा सोडलेल्या अवस्थेत आहे. गर्भागारात गणेशमूर्तीच्या उजव्या बाजूला त्याच पद्धतीची आणखी एक पाषाण मूर्ती पहावयास मिळते. ही मूळ मूर्ती आहे.

कार्य सिद्धीस नेण्यासाठी, कोणत्याही कार्याची सुरुवात आपण आपले आराध्य दैवत श्री गणेश पूजनाने करतो. भक्तीयुक्त अंतःकरणाने स्मरण केल्यास विद्या, धनधान्य, मोक्ष-मुक्ती प्राप्त करून देणाऱ्या या दैवताची १०८ नावे प्रचलित आहेत. मांडवी नदीच्या काठावर असलेला खांडोळा-माशेल-वरगाव हा फोंडा तालुक्यात येतो. पणजीहून माशेलमार्गे सावई-वेऱ्याला येताना खांडोळा-माशेल येथे महागणपतीचे भव्य मंदिर आहे.
मंदिरातील मूर्ती पाषाणी असून एका हातात परशू, तर दुसर्या हातात लाडू आहे. एक हात अभयमुद्रा तर दुसरा हात मोकळा सोडलेल्या अवस्थेत आहे. गर्भागारात गणेशमूर्तीच्या उजव्या बाजूला त्याच पद्धतीची आणखी एक पाषाण मूर्ती पहावयास मिळते. ही मूळ मूर्ती आहे.
मूळ मूर्ती जराशी भंग पावल्यामुळे नवीन मूर्तीची स्थापना करण्यात आली व जुन्या मूर्तीचे पाण्यात विसर्जन करण्याचे ठरविण्यात आले. पण महाजनांना दृष्टांत देऊन आपल्याला गर्भागारातच ठेवा, तेसुद्धा नवीन स्थापना केलेल्या मूर्तीपेक्षा उच्च स्थानावर, असे सांगितल्यामुळे विसर्जनासाठी घेतलेली महागणपतीची मूर्ती स्थापना केलेल्या मूर्तीपेक्षा जरा उंचावर ठेवण्यात आली. त्यामुळे खांडोळा मंदिराच्या गाभार्यात महागणपतीच्या दोन मूर्ती विराजमान झालेल्या दिसून येतात. दोन्ही मूर्तींना विधिवत पूजा-आरती-नैवेद्य केला जातो.
तिसवाडी तालुक्यातील दिवाडी बेटावरील जुवे नावेली हे गाव श्री गणपतीचे मूळ स्थान आहे. त्याकाळी दिवाडी जुवे हे "तीर्थक्षेत्र" म्हणून ओळखले जात असे. पोर्तुगिजांच्या धार्मिक संकटामुळे श्रीगणेशाला काही हिंदू भक्तजनांनी फोंडा तालुक्यातील म्हादई नदीच्या काठावर वसलेल्या खांडेपार या गावात नेले. पण तिसवाडीतील काही भक्तजनांना खांडेपार दूर पडत असल्याने ते गुपचूप खांडेपारला आले आणि न सांगताच दिवाळीच्या पहाटे मूर्ती घेऊन पलायन केले. दिवाळीच्या दिवशी सकाळी जेव्हा देवदर्शनाला भाविक मंदिरात आले तेव्हा मंदिरातील महागणपतीची मूर्ती गायब झालेली दिसून आली. त्यांनी मूर्तीचा शोध घेण्यासाठी धावाधाव केली असता मूर्ती घेऊन जाणारे आपलेच महाजन बांधव असल्याचे व त्यांना देवदर्शनाला दूरवर येणे शक्य होत नसल्याचे समजताच मूर्ती नार्वे येथे नेऊन ठेवली. पण तिथेही असुरक्षितता निर्माण झाल्यामुळे विचारविनिमय करुन खांडोळा माशेल या मध्यवर्ती ठिकाणी श्री महागणपतीची स्थापना करून मंदिर उभारण्यात आले. खांडेपार येथील काही भाविकांनी मात्र आपल्या गावच्या मंदिरातील गणेश मूर्ती दिवाळीच्या दिवशी नाहीशी झाली म्हणून दिवाळी साजरी केली नाही. ते आजपर्यंत दिवाळी साजरी करीत नसल्याचे सांगण्यात येते.
"श्री महागणपती देवस्थान खांडोळा माशेल गोवा" या मंदिरातून वर्षभर उत्सव साजरे होत असतात. महिन्यातून येणाऱ्या विनायकीच्या दिवशी महागणपतीची (उत्सवमूर्ती) पालखीत बसवून मंदिराभोवती मिरवणूक काढली जाते. शिवाय अक्षय तृतीया, रामनवमी, अनंतव्रत, दुर्गाष्टमी, गोकुळाष्टमी, कुष्मांड नवमी, वैकुंठ चतुर्दशी, दसरा असे विविध उत्सव असतात. मार्गशीर्ष शुक्ल विनायकीच्या दिवशी कालोत्सव व दुसऱ्या दिवशी गवळणकाला होतो. हे दोन्ही दिवस पालखी दुपारी एक वाजता अवभ्रत स्नानासाठी तळीवर जाते. तिसऱ्या दिवशी आवळी भोजनाचा कार्यक्रम होतो. गणेश चतुर्थीच्या दिवशी संध्याकाळी पाच वाजता पालखी मिरवणूक असते.
माघ महिन्यात साजरा होणारा गणेश जयंतीचा श्री गणेश जन्मसोहळा दुपारी १.१५ वाजता होतो. यावेळी गणेशाला पाळण्यात घालतात. दुपारी महानैवेद्य व रात्री आठ वाजता श्रींची पालखीतून व लालखीतून मिरवणूक काढतात. गणेश जयंतीपासून सतत दहा दिवस गणेश नवरात्र साजरे केले जाते. शेवटच्या दिवशी कीर्तन, भजन, गायन व रथोत्सव असतो. येथे श्री शांतादुर्गा, श्री पूर्वाचारी, श्री लक्ष्मीनारायण, श्री सूर्यनारायण, श्री ग्रामपुरुष अशी दैवते आहेत. सभामंडपात निरंकार व कालभैरवाचे लहानसे घुमटीवजा मंदिर आहे.
कालभैरवाच्या मुखवट्यामागे एक दगड बसवलेला आहे. हा दगड दिवाडीतील गोम्स परेरा नावाच्या एका ख्रिश्चन भाविकाने आणून दिल्याचे सांगण्यात येते. गोम्स आपली खंडणी वसूल करून घेण्यासाठी वजन माप म्हणून हा दगड वापरत होता. पण दरवर्षी दगडाचे वजन वाढत होते हे लक्षात येताच दगड देवाचा असावा म्हणून त्याने तो खांडोळा मंदिरात आणून दिला. देवाला कौल लावल्यावर दगड कालभैरवाला बसवण्यात यावा असे सांगितल्यामुळे तो दगड कालभैरवाच्या मंदिरात बसवलेला पहावयास मिळतो.